1992 Příspěvková organizace Lesy hl. m. Prahy začala fungovat 1. listopadu 1992. Nahradila Lesní oddělení zanikajícího státního podniku Sady, lesy a zahradnictví Praha a svým zrodem navázala na dobu před rokem 1961, kdy se o pražské lesy rovněž starala samostatná organizace – tehdejší Lesní hospodářství hlavního města Prahy. Součástí Lesů hl. m. Prahy se v roce 1992 staly také dvě okrasné školky (Kbely, Ďáblice) pro pěstování sadebního materiálu k obnově zeleně ve městě.
1998 Po reorganizaci státního podniku Pražská kanalizace a vodní toky a založení akciové společnosti Pražské vodovody a kanalizace převzala naše organizace středisko zajišťující údržbu drobných vodních toků, z nichž velká část přímo protéká lesními pozemky ve správě Lesů hl. m. Prahy.
2007 Kromě pražských lesů a drobných vodních toků na území hlavního města se naše organizace začala starat také o Královskou oboru Stromovka, největší pražský krajinářský park.
2008 V naší organizaci vzniklo středisko Ekologická výchova, které prostřednictvím environmentálně zaměřených programů a akcí seznamuje žáky pražských škol i pražskou veřejnost s přírodou hlavního města.
2011 S projektem Návrat včel do pražských lesů začala naše organizace obnovovat včelnice v pražských lesích a parcích. Dnes po celé Praze provozujeme celkem 10 včelnic.
2014 Naše organizace převzala do své péče vybraná pražská stromořadí a parky celopražského významu, jako jsou Petřín, Vítkov či Letenské sady. V naší organizaci se tak zformovalo středisko Městská zeleň, pod nějž jsme začlenili také dosavadní správu Stromovky a obě okrasné školky.
2017 Zahájili jsme provoz nové kompostárny v pražském Slivenci, která přijímá bioodpad od Pražanů i firem. Do provozu byla uvedena medárna pro zpracování medu a vosku z našich včelnic. Veřejnosti se otevřelo i ekocentrum Prales.
2022 Naše organizace funguje již 30 let. V tomto roce má také výročí 10 let provozu Záchranná stanice hl. m. Prahy pro volně žijící živočichy a k této příležitosti jsme připravili venkovní výstavu na pražské náplavce Taky Pražané.
2023 Zahájila se vlastní stavba nového areálu pro záchrannou stanici v Jinonicích. Po dobu stavby je stanice přesunuta do Zahradnictví Ďáblice.